Η προεπιλεγμένη ρύθμιση του Perfect Score είναι να αποθηκεύει όλα τα αρχεία στο φάκελο των κοινόχρηστων εγγράφων (C:\Documents and Settings\All Users\Shared Documents\Perfect Score\). Αυτό γίνεται για να έχουν πρόσβαση στα αρχεία όλοι οι χρήστες του υπολογιστή.

Στο φάκελο του Perfect Score βρίσκονται οι εξής φάκελοι:

• Data - περιέχει τα στοιχεία των χειριστών
• Errors - περιέχει τα αρχεία αναφοράς σφαλμάτων, εφόσον αυτά δεν έχουν αποσταλεί στην ΕΟΜ.
• Movements - περιέχει τα αρχεία κινήσεων.
• Printout - περιέχει τα πρότυπα των εκτυπώσεων.
• Reports - περιέχει τα αρχεία αναφορών, εφόσον αυτά δεν έχουν αποσταλεί στην ΕΟΜ.
• Sessions - περιέχει τα αρχεία των ημερίδων και των πολυημέρων.

Ο φάκελος αυτός χωρίζεται αυτόματα σε υποφακέλους, ώστε να γίνεται εύκολη η αναζήτηση ενός αρχείου. Μέσα σε αυτόν δημιουργείται ένας φάκελος για κάθε έτος (π.χ. “2007”, “2008” κ.ο.κ.). Σε καθέναν από αυτούς δημιουργούνται φάκελοι που ονοματίζονται με βάση τον αριθμό του μήνα (π.χ. “01” για Ιανουάριο, “02” για Φεβρουάριο κ.ο.κ.). Σε καθένα από αυτούς τους φακέλους δημιουργούνται φάκελοι που ονοματίζονται από την ονομασία της ημέρας που αποθηκεύτηκε για πρώτη φορά το αρχείο στα αγγλικά (“Monday” για Δευτέρα, “Tuesday” για Τρίτη κ.ο.κ.).

Ο χειριστής έχει τη δυνατότητα να αγνοήσει πλήρως την παραπάνω δομή και να δημιουργήσει δικούς του φακέλους ή ακόμη και να αποθηκεύσει τα αρχεία του σε διαφορετικό φάκελο ή και δίσκο.